يعد مستشفى جامعة السلطان قابوس أحد أهم المستشفيات المرجعية والتخصصية في سلطنة عمان, والذي يسعى جاهدا لتحقيق أهدافه التي تكفل تقديم خدمات صحية مميزة ذات جودة عالية, إضافة إلى القيام بالبحوث والدراسات وإقامة الندوات والمؤتمرات في مختلف التخصصات الطبية إلى جانب تدريب وتعليم طلاب كلية الطب والعلوم الصحية وتأهيلهم كأطباء مؤهلين لتحمل العبء الملقى على عاتقهم.

وقد تفضل حضرة صاحب الجلالة السلطان قابوس بن سعيد المعظم حفظه الله ورعاه وشمل برعايته السامية إفتتاح مستشفى جامعة السلطان قابوس في يوم الثلاثاء العاشر من رجب لعام 1410 هجرية, الموافق السادس من فبراير لعام 1990 ميلادية.

وقد تم تجهيز المستشفى الجامعي بأحدث الأجهزة والمعدات الطبية وفق آخر ما توصل إليه العلم الحديث في الحقلين الطبي والعلاجي لتخدم جميع أقسامه ودوائره.

في مجال الرعاية الطبية فإن المستشفى الجامعي يحمل شعار التميز والجودة في تقديم الخدمة، ففي مجال عمليات نقل وزراعة الكلى يحتفظ المستشفى الجامعي بالسجل العالمي لأصغر مريض في العالم تمت له عملية زراعة كلية حيث تمت زراعة كلية من طفل يبلغ من العمر 21 يوماً إلى طفل عمره سنة وخمسة أشهر.
وفي مجال عمليات زراعة النخاع العظمي فقد أجرى المستشفى الجامعي في يوليو عام 1995م أول عملية نقل وزراعة نخاع عظمي في السلطنة لطفلة عمانية تبلغ من العمر ست سنوات. وقد حقق المستشفى في عام 2004م انجازا طبياً جديدا بإجراء أول عملية زراعة نخاع من المريض نفسه.
ولضمان تقديم خدمة صحية ذات جودة عالية يسعى المستشفى الجامعي في غضون السنتين القادمتين للحصول على نظام الإعتماد الأمريكي المشترك (JCI) لإدارة الجودة في الرعاية الصحية ويعتبر المستشفى الجامعي المستشفى الحكومي الوحيد في السلطنة الحاصل على شهادة الجودة (ISO 9001/2000) .