تحتوي الجامعة على مكتبة رئيسية واحدة بالإضافة الى عدد مكتبتين متخصصتين (الطبية والتجارة). بالإضافة الى ذلك هناك ايضا عدد اربع مكتبات داعمة في الكليات و في المسجد. الجدير بالذكر ان جميع مكتبات جامعة السلطان قابوس توفر كتب ورقية بالإضافة الى نسخ الكترونية عبر الشبكة المعلوماتية والانترنت، كما تقدم خدمات الاستعارة. ويشتمل حاليا نظام مكتبة الجامعة على ما يقارب 300.000 مجلد، وحوالي 1.014 مجلة مطبوعة ، و 9.706 مواد سمعية وبصرية، و 18.600 مجلة الكترونية، و50.000 كتب الكترونية ، و حوالي سبع وعشرون قاعدة بيانات.