بدأت مرحلة تأسيس الهيكل الإداري للدراسات العليا والبحث العلمي في عام 1999م  حينما تشكلت عمادة الدراسات العليا والبحث العلمي ، وقد أعيدت هيكلة هذه العمادة  لتصبح في العام 2001م مكتباً لنائب رئيس الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي ،ونظراً لتوسع  أنشطة البحث العلمي في الجامعة  وكذلك  توسع برامج الدراسات العليا فقد رافق هذا زيادة  في الحاجة  إلى العديد من الخدمات الإدارية التي تحققت بتأسيس مكتب نائب رئيس الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي في عام 2006م. وفي العام نفسه أنشئت عمادة الدراسات العليا ضمن هذا المكتب، وتبع ذلك إنشاء عمادة أخرى منفصلة  تعنى بشؤون البحث العلمي وذلك في عام 2009م.

ويتشكل الهيكل الإداري الخاص بمكتب نائب الرئيس للدراسات العليا حالياً من نائب الرئيس ومدير مكتب نائب الرئيس ونائب مدير المكتب، وستة أقسام هي: قسم التنسيق والمتابعة،  وقسم التوثيق السجلات، وقسم شؤون المجالس واللجان ، وقسم التخطيط والتطوير ، وقسم  الدعم الفني ، وقسم التدقيق اللغوي . وُيعنى المكتب  بكل ما شأنه الرقي بشؤون الدراسات  العليا والبحث العلمي، والإشراف على سير عمل المراكز والكراسي البحثية ، وإعداد الخطط الاستراتيجية ، وتسهيل  عمل  اللجان والمجالس التي يشرف عليها المكتب ومتابعة تنفيذ توصياتها بالتنسيق مع الجهات المختصة.

ويرأس نائب رئيس الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي ثلاثة مجالس هي : مجلس الدراسات العليا، ومجلس البحث العلمي ، ومجلس النشر العلمي . ويندرج  تحت هيكل مكتب نائب الرئيس للدراسات العليا والبحث العلمي ، عمادة الدراسات العليا وعمادة البحث العلمي ،كما توجد  في جامعة السلطان قابوس تسعة مراكز بحثية ، تتبع إدارياً مكتب  نائب رئيس الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي . وهي : مركز الاستشعار عن بعد ونظم المعلومات الجغرافية ، مركز الدراسات العمانية ، مركز الدراسات والبحوث البيئية، مركز رصد الزلازل ، مركز أبحاث الاتصالات  والمعلومات، مركز أبحاث النفط والغاز، مركز أبحاث المياه، مركز التميز للتقنية الحيوية البحرية ،مركز البحوث الإنسانية .

كذلك يوجد في جامعة السلطان قابوس ثلاثة كراسي  للبحوث في المجالات  التخصصية  ، الأول هو  كرسي اليونسكو للتقنية  الحيوية  البحرية، ويحتضنه  مركز التميز للتقنية  الحيوية البحرية ، وقد  أنشئ هذا الكرسي في عام 2003م،أما الكرسي الثاني فهو كرسي شل للعلوم الأرضية الكربوناتية، ويوجد  في مركز أبحاث  النفط والغاز ، وقد أنشئ هذا الكرسي في عام 2007، و الثالث  كرسي  مجلس البحث العلمي لتقنية  النانو في تحلية  المياه ، ويندرج  تحت مظلة  مركز أبحاث المياه.

مهام المكتب : وتتلخص مهام مكتب نائب الرئيس  للدراسات  العليا والبحث العلمي في تحقيق رسالة الجامعة  المتعلقة بالدراسات العليا والبحث العلمي من خلال تقديم المقترحات  وإجراء الدراسات  اللازمة ومتابعة تنفيذها، الأشراف على إعداد  الخطط السنوية والاستراتيجية  للتطوير ومتابعة  تنفيذها ، والوفاء باحتياجات المجتمع  فيما يتعلق  بالدراسات  العليا  والبحث العلمي ، والأشراف  على برامج  الدراسات العليا ، ومشاريع البحث العلمي بالتنسيق مع وحدات الجامعة ، والأشراف  على المراكز البحثية  بالجامعة والعمل على تفعيلها وتطويرها ، والتنسيق نع المؤسسات البحثية  ومتابعة سير مشاريع البحوث العلمية والعقود البحثية.

          ويهدف مكتب نائب الرئيس للدراسات العليا والبحث العلمي الى تحقيق جملة من الأهداف أهمها :
 

-         مواصلة تأسيس برامج الدراسات العليا في التخصصات المختلفة على مستويات عالمية .

-         وضع اللوائح الخاصة بالمنح والعقود والاستشارات .

-         توفير التمويل للبحوث العلمية من مصادر متنوعة .

-         إنشاء المراكز والكراسي البحثية .

-         العمل على الارتقاء بالتعاون البحثي مع الجهات والمؤسسات الخارجية .

-         نشر ثقافة البحث العلمي وبناء القدرات البحثية في السلطنة .

-         تسخير البحث العلمي لخدمة التنمية والمجتمع من خلال إيجاد حلول للمشاكل التي قد تواجه
          القطاعات المختلفة والمساهمة في تطوير إنتاجيتها .

-         تشجيع الابتكارات وريادة الأعمال في السلطنة .