يطرح قسم الرياضيات في جامعة السلطان قابوس برنامج ماجستير في:
- الرياضيات البحتة
- الرياضيات التطبيقية.
يطلب من جميع الطلاب الراغبين بالإلتحاق بإحدى هذين البرنامجين أن يتقدموا لاختبار تحريري من ثم إجراء مقابلة شفهية
يطرح قسم الرياضيات أيضًا برنامج الدكتوراه في الرياضيات